O acervo do museu, composto por cerca de dez mil peças, está organizado por temáticas. Podem ser conferidas peças da Revolução Farroupilha, como retratos de líderes da Revolução, Bento Gonçalves e David Canabarro, além de armas e objetos de uso pessoal da época. A Sala Missioneira abriga raros exemplares de estátuas missioneiras do século XVIII, destacando as esculturas de São Francisco Xavier e de Nossa Senhora da Conceição, além de sinos e bancos que pertenceram a capelas jesuíticas.
A Sala Indígena aborda aspectos das atividades sociais e culturais dos grupos indígenas que habitaram o Rio Grande do Sul por meio de armas, cerâmicas, artesanato e instrumentos de trabalho de diversas etnias, como os caingangues e guaranis. Do antigo morador do casarão, Julio de Castilhos, estão preservadas peças utilizadas pelo ex-governador durante sua trajetória política, em que se destacam o mobiliário pertencente ao seu antigo quarto de dormir e do seu local de trabalho, além de retratos pessoais e familiares.
O Pátio dos Canhões Farroupilhas apresenta ao público canhões que pertenceram à esquadra de Giuseppe Garibaldi e que, por longo tempo, jaziam no fundo do arroio Santa Izabel, em Camaquã, onde foi travada uma das batalhas da Revolução. Os canhões foram recuperados em 1926 e doados à instituição.
Correio do Povo