Zemeckis declarou que, com a ajuda dos avanços tecnológicos, o filme poderá levar os espectadores em uma viagem sem igual através do que ele descreveu como "um dos maiores filmes de fantasia de todos os tempos".
"Yellow Submarine" é um animação estrelada pelos Beatles sobre uma comunidade submersa pacífica, amante da música, que é atacada pelos "blue meanies". Eles invadem a cidade de Pepperland, um paraíso cercado de cor e música e tentam acabar com o amor, a música e as cores.
É quando os Beatles entram em ação, a bordo do submarino amarelo, e atravessam vários mares fantásticos até chegar a Pepperland e salvar a cidade.
Correio do Povo