O museu on-line está organizado em uma linha cronológica dos acontecimentos daquele dia, com fotografias dos sequestradores islamitas abordando um dos aviões às 5h45min até o discurso à nação do então presidente George W. Bush, realizado às 20h30min local. O museu propriamente dito será inaugurado no dia 11 de setembro, no décimo aniversário dos atentados, que deixaram cerca de 3 mil mortos.
Consistirá em duas enormes fontes quadradas alimentadas por cascatas de água, com inscrições dos nomes das vítimas, e estarão situadas nos locais exatos onde localizavam-se as torres gêmeas do World Trade Center. Os visitantes terão acesso através de um pavilhão, que incluirá um auditório para eventos públicos. A partir do pavilhão, poderão se dirigir aos andares inferiores, onde haverá exposições permanentes.
O museu foi criado pelo arquiteto Michael Arad e pelo paisagista Peter Walker, selecionados após um concurso no qual participaram 5,2 mil aspirantes de 63 países. Segundo os organizadores, uma vez inaugurado, o acesso ao museu estará limitado a 1,5 mil pessoas simultaneamente, que deverão passar por um scaner de segurança antes de entrar no local.
