Em cerca de um ano e meio no Flamengo, Carlos Eduardo disputou 49 partidas com a camisa rubro-negra e marcou apenas um gol. Do total de jogos, o meia participou de apenas três nos 90 minutos. Nesta temporada, o atleta jogou poucas vezes, e depois da partida contra o Bolívar, pela Libertadores, quase não foi mais relacionado para as partidas.
Carlos Eduardo chegou ao Flamengo, no início de 2013 como grande contratação para a temporada, porém, pouco mostrou neste período e sempre foi bastante contestado. Com o jogador, o Rubro-Negro gastou cerca de R$ 11 milhões entre sálarios e comissões.