O treinador está à frente da seleção colombiana desde janeiro de 2012. Pekerman conduziu a equipe "cafetera" até as quartas de final da Copa do Mundo, no Brasil. O resultado foi o melhor da seleção sul-americana em Mundiais. O aproveitamento de Pekerman no comando da Colômbia é de 71,43%. O treinador dirigiu a seleção em 28 jogos, vencendo 18, empatando seis e perdendo quatro.
Na Copa do Mundo, a Colômbia foi eliminada pelo Brasil nas quartas de final da competição, após uma vitória de 2 a 1. O jogo ficou marcado pela lesão de Neymar. O atacante acabou ficando de fora do restante do Mundial por conta de um problema nas costas.
