Marcos foi o goleiro titular da Seleção na conquista do pentacampeonato mundial, sob comando do técnico Luiz Felipe Scolari, na Coreia do Sul e no Japão. Em sete jogos disputados, ele sofreu apenas quatro gols. No mesmo ano, foi eleito o terceiro melhor goleiro do mundo. O atleta defendeu a equipe nacional entre 1999 e 2005. Prejudicado por seguidas lesões, Marcos anunciou sua aposentadoria no início de janeiro, aos 38 anos.
Ídolo no Palmeiras, no mês seguinte, ele se tornou embaixador do clube, ao assinar contrato para eventos e campanhas de marketing. Um dos maiores ídolos da história palmeirense, Marcos também será homenageado pelo clube nos próximos meses. Ele ganhará um busto na Arena Palestra, novo estádio do Palmeiras, e deverá entrar em campo mais uma vez para um jogo de despedida com a camisa do time.