O Maracanã fica em uma área de mangue e é circundado pelo rio de mesmo nome, área frequente de inundação na cidade. A prefeitura está construindo um "piscinão" na Praça da Bandeira, distante cerca de 3 quilômetros do Maracanã, para escoar as águas da chuva na região. Entretanto, a obra não ficará pronta a tempo da Copa do Mundo e só deve ser concluída no fim de 2014.
O tipo de terreno em que o Maracanã foi construído foi o motivo alegado pelo governo do Estado, que supervisionou as obras de reforma para a Copa, para não cumprir uma recomendação da Fifa, que era fazer a drenagem à vácuo do campo. O governo bancou a inviabilidade da recomendação, por causa do lençol freático que passa embaixo do terreno, o que poderia gerar comprometimento no processo.
