Na sua história, o León de Huánuco já caiu três vezes para a segunda divisão peruana. O primeiro descenso ocorreu em 1979 e a reação veio no ano seguinte, com a conquista da Copa do Peru. Mais tarde, em 1983, o Léon voltou a fazer uma campanha pobre no nacional, onde ficou na última posição. Após uma reestruturação no futebol peruano, a equipe retornou para a série A do país em 1992. No entanto, três anos depois, um novo descenso ocorre. Na época, o time não atuava com jogadores considerados profissionais.
Em 2009, o León Huánuco voltou para a primeira divisão e nesse ano conquistou pela segunda vez a Copa do Peru. Em 2011, chegou à Libertadores de forma inédita na sua história. Atualmente, o time é comandado pelo técnico Franco Navarro.
Na última partida, pelo Campeonato Peruano, o León Huánuco poupou seus titulares no enfrentamento contra o Juan Aurich. Os reservas foram derrotados fora de casa por 2 a 0. Segundo jornal Líbero, os anfitriões não tiveram piedade do time de Franco Navarro.
Quando foi derrotado pelo Grêmio, no estádio Olímpico, o Léon teve a seguinte escalação: Flores; Espinoza, Jorge Araújo, Cardoza e Suárez; Ferrari (Cevasco), Zegarra, Céspedes e Orejuela; Carlos Elias (Otálvaro) e González Vigil (Rodríguez).
