O Shakhtar acertou a contratação de Fernando por 11 milhões de euros depois que o Napoli não conseguiu cobrir a oferta feita pelo time da Ucrânia. Para a vaga deixada pelo volante, o Grêmio anunciou Cristian Riveros como reforço. O atleta paraguaio foi apresentado durante esta semana e prometeu dedicação ao novo clube.
Fernando fez sua despedida da Arena na vitória do Brasil sobre a França, no último domingo. Sua última partida com a camisa do Tricolor gaúcho foi na vitória sobre o Náutico, na primeira partida do Campeonato Brasileiro deste ano. Criado no clube, Fernando fez sua estreia ainda com o técnico Silas, em 2010, atuando em uma posição mais avançada.