Como o Grêmio se classificou para a Libertadores de 2014, a renovação automática do apoiador com o Grêmio por mais seis meses seria um caminho natural - existe essa cláusula no contrato do camisa 10. Só que o clube busca cortar gastos, o que ficou claro ao não investir nas renovações de Dida e Renato, por exemplo. Como é dono de um dos maiores salários do elenco, Zé pode ter que aceitar uma redução para continuar no clube.
Zé Roberto era, ao lado de Elano, intocável com Vanderlei Luxemburgo e chegou a permanecer entre os 11 após a chegada de Renato Portaluppi. Uma lesão, das poucas em sua carreira, viu o atleta afastado do Grêmio exatamente quando o time chegou ao G4 do Brasileirão com um esquema de três zagueiros e três volantes.
Retornou de lesão, teve de amargar o banco de reservas e só voltou a ser titular na reta final da temporada, quando Renato passou a escalar o time com três atacantes e um articulador no meio. Zé fechou a temporada com 42 partidas e dez gols, sendo o vice-artilheiro do time - Barcos marcou 14 vezes. Em 2012, foram 33 jogos em cinco meses de clube.