Contratado pelo Inter no começo de 2012, depois de uma longa negociação com o São Paulo, Dagoberto chegou ao clube gaúcho depois de acertar o pagamento de R$ 1,4 milhão para o time paulista pela liberação antecipada.
Dagoberto disputou 39 partidas pelo Inter e marcou 10 gols. O atacante conquistou o Campeonato Gaúcho de 2012 com a camisa do Colorado. O jogador tinha contrato com o Inter até o final de 2016 e deixou o time, então comandado por Dunga, no começo de janeiro.