Deste a metade de novembro o Colorado estava num impasse por conta das exigências financeiras de Lee. O empresário se reuniu por duas vezes com o presidente Giovanni Luigi e um desfecho era esperado para essa semana. No caso do lateral, foi impossível atender às demandas.
Destaque do Atlético-PR na temporada 2007, o que inclusive rendeu uma convocação para a Seleção Brasileira de Dunga, Nei sofreu grave lesão no joelho em 2008 e ficou 11 meses parado. Após uma boa temporada em 2009, foi contratado pelo Inter.
O lateral-direto ficou marcado pela regularidade em seu primeiro ano. Não chegou a fazer partidas de grande destaque, mas mostrou segurança e regularidade na conquista da Libertadores de 2010. Se manteve titular em 2011, mas sem conquistar a torcida com seu futebol. No total, disputou 157 partidas pelo Inter, tendo marcado cinco gols.
Neste ano, contudo, assim como a casamata colorada mudou de comando algumas vezes, o futebol de Nei sofreu baques e aumentaram as críticas da torcida. Com o entrave das negociações contratuais, antes do fim do Brasileirão foi afastado do grupo enquanto não resolvia sua renovação para 2013.
