Ao longo da temporada, Marcos Aurélio jamais firmou-se como titular do Inter e ficou de fora da lista de relacionados de várias partidas do Brasileirão, principalmente no segundo turno, após a contratação de Forlán e o crescimento de Cassiano.
Conforme o site oficial do Inter, Marcos Aurélio disputou 20 partidas e marcou somente um gol.