Contratado pelo Inter em julho de 2008, após ser vice-campeão da Libertadores com o Fluminense, Mahseredjian integrou a comissão técnica colorada na conquista dos títulos da Copa Sul-Americana (2008), Gauchão, Suruga Bank (2009), Libertadores (2010), Gauchão e Recopa Sul-Americana (2011).
De acordo com Anápio, o preparador físico comunicou a sua saída nesta sexta. “Ele sai por uma questão estritamente pessoal e familiar”, disse. Nos três anos em que trabalhou no Beira-Rio, Mahseredjian só não foi o principal responsável pela preparação física dos jogadors do Inter quando da passagem do técnico Jorge Fossati, que trouxe consigo Alejandro Valenzuela, que respondeu pelo setor.
Além do trabalho no Inter, Mahseredjian também é o preparador físico da Seleção Brasileira. Trabalhou com Dunga na Copa das Confederações e na Copa do Mundo e manteve o cargo quando Mano Menezes assumiu.