A decisão de não contar mais com o camisa 3 foi divulgada pelo jornal O Estado de São Paulo, dias antes do confronto do Tricolor com o Bayern de Munique, ex-clube do zagueiro. Na Alemanha, a presença de Lúcio era destacada, já que ele é ídolo do Bayern.
Principal contratação para esta temporada, o defensor não teve grande desempenho pelo time paulista. Pelo contrário, falhas e investidas sem sucesso ao ataque comprometeram a equipe. O zagueiro chegou a ser barrado por Ney Franco após não gostar de ser substituído em jogo diante do Arsenal, na Argentina, pela Libertadores.
Depois, recuperou a vaga no time, mas voltou a atrapalhar o São Paulo ao ser expulso no primeiro tempo do primeiro jogo das oitavas de final da Libertadores, contra o Atlético-MG. Após o cartão vermelho, o Tricolor levou a virada no Morumbi e foi eliminado em Belo Horizonte.
Paulo Autuori avisou, logo após o jogo contra o Inter, que apenas conversar e pedir para Lúcio não ir ao ataque não estava adiantando e algo a mais precisaria ser feito.
