Peritos do Instituto de Criminalística suspeitam que as causas do acidente podem ter sido falta de manutenção na via férrea, devido aos dormentes que estariam podres, e de um problema mecânico: defeito nos freios de uma das composições. A Polícia Civil vai instaurar inquérito para averiguar as causas do acidente.
As casas, localizadas entre as ruas Osvaldo Aranha e Presidente Roosevelt, no Jardim Conceição, foram vistoriadas pela Defesa Civil, a qual constatou que duas delas estão completamente destruídas e duas estão parcialmente danificadas, e permanecerão interditadas até o término dos trabalhos de busca por vítimas. A queda de três postes também deixou os moradores da região sem energia elétrica e telefones.
A América Latina Logística, responsável pela operação no trecho, enviou nota lamentando a fatalidade e se solidarizando com as famílias e vítimas. A empresa informou que prestará todo suporte e apoio. A nota ainda nega o relato de testemunhas, de que o trem estivesse trafegando em alta velocidade antes do acidente. "Por meio do centro que controla remotamente, via satélite, toda a operação, a empresa confirmou que a composição transitava dentro dos limites de velocidade do trecho. As causas do acidente serão investigadas por meio de sindicância".