No inquérito que apura fraude em processo de execução fiscal da União, a investigação da PF comprovou falsificação nas assinaturas dos vendedores de terrenos ofertados em execução fiscal por um valor mais de trinta vezes maior do que o da avaliação de mercado. A fraude foi realizada durante a gestão do ex-reitor.
Becker foi indiciado pela PF em maio de 2010 como líder de uma quadrilha que teria desviado mais de R$ 60 milhões da Ulbra. Conforme a PF, suspeitos montaram empresas ''fantasmas'' para receber valores por supostas consultorias prestadas à universidade, no período de 2005 até o início de 2009. O ex-reitor foi denunciado também pelo Ministério Público Federal por ilegalidades no museu tecnológico da universidade.
Em dezembro de 2009, o juiz federal Guilherme Pinho Machado determinou a penhora de dois apartamentos - incluindo uma cobertura – de Becker, avaliados em R$ 2,5 milhões. Os imóveis localizados no Edifício Palma Real foram registrados no nome da empresa RME, que pertence à família do ex-reitor. Além dos apartamentos, foi determinada a penhora de cinco boxes de garagem no mesmo edifício e a venda direta de 312 veículos que eram de propriedade de Becker.
