O impasse começou em 2002, quando uma ação civil pública movida pelo Ministério Público Federal (MPF) alegou que cabia ao Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama), e não à empresa vencedora da licitação ou ao órgão ambiental do Estado fazer o estudo de impacto. A Promotoria alegou que a competência do Ibama se explicava pelo fato de a obra ser projetada para as imediações da Floresta Nacional de Canela.
À época, a empresa Minerar Consultoria e Projetos em Mineração, Meio Ambiente e Sistemas havia vencido a licitação da Fepam para elaborar estudo. A sentença de primeiro grau considerou o Ibama responsável pela licença e anulou o estudo particular, que havia liberado o empreendimento.
A Fepam e o Estado apelaram e, depois de analisar o recurso, o desembargador federal Fernando Quadros da Silva entendeu que a competência é estadual, já que o aeroporto vai ser construído fora da unidade de conservação da União, além de ter impacto localizado no meio ambiente.
