A maior facilidade feminina com línguas não é uma característica do Pisa. As avaliações nacionais, como a Prova Brasil e o Exame Nacional do Ensino Médio (Enem), também revelam uma superioridade feminina em português e compreensão de textos. A novidade é a diferença acentuada entre homens e mulheres. Enquanto as meninas passaram a barreira dos 400 pontos e se aproximaram um pouco mais da média dos países ricos, pertencentes à Organização para Cooperação e o Desenvolvimento Econômico (OCDE), que é de 493, os meninos ainda estão abaixo dos 400.
A diferença de gênero nos resultados educacionais é, no Brasil, historicamente, favorável às mulheres. O Pisa mostra que, apesar de estar abaixo dos meninos em ciências e matemática, a diferença diminuiu entre 2006 e 2009. Em ciências, a diferença era de nove pontos e caiu para três; em matemática, continua grande, mas caiu de 19 para 15 pontos.
De acordo com o relatório do Pisa, em matemática é tradicional a diferença favorável aos meninos. De todos os 65 países participantes da prova em 2009, em 35 há uma diferença a favor dos meninos e em apenas cinco a favor das meninas. Em países como Bélgica, Chile, Inglaterra e Estados Unidos essa diferença pode passar dos 20 pontos. O Brasil fica na média, que é de 12 pontos.
De forma ainda mais pronunciada, as meninas são mais bem avaliadas em leitura em todos os 65 países avaliados no Pisa 2009. A diferença média é ainda maior do que no Brasil, alcançando 39 pontos. Na Finlândia, chega a 55 pontos.
