Segundo o Ministério da Educação, a decisão foi tomada porque Amaral não se sentia em condições de continuar no cargo, depois das denúncias de desvio de recursos na Fundação Rio Madeira (Riomar), que serve à universidade, o que motivou a constituição de comissão de investigação formada por representantes do MEC e da Controladoria-Geral da União (CGU), para auditar as contas da universidade e da Riomar.
O ministro Fernando Haddad constituiu também comissão para apurar as condições de funcionamento da Unir, atendendo ao pedido de professores e de alunos. A comissão iria apresentar relatório nesta quinta-feira, mas teve os trabalhos prorrogados por mais dez dias.
