A confusão começou depois que centenas de muçulmanos conservadores se reuniram em uma igreja, no bairro de Imbaba, alegando que uma mulher cristã que se converteu ao islamismo estava sendo mantida contra a vontade dentro da igreja. Um responsável pela igreja atacada, o padre Hermina, delarou que os mortos eram cristãos e que faleceram em um ataque cometido por "agressores salafistas (um movimento fundamentalista islâmico).
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Os feridos, vítimas de fraturas ou tiros, foram levados de ambulância a quatro hospitais da cidade, de acordo com fontes médicas. Durante a noite, outra igreja do bairro, a da Virgem Maria, foi incendiada. Os coptas, ou cristãos do Egito, representam entre 6 e 10% da população do país, que supera os 80 milhões de habitantes.
Há meses, as polêmicas sobre a suposta conversão de mulheres cristãs ao islã, que foram sequestradas e estariam presas em igrejas e monastérios, provoca tensões entre estas duas comunidades. Várias manifestações convocadas por salafistas ocorreram nas últimas semanas em torno deste tema. A última, na sexta-feira no Cairo, se transformou em um ato de apoio a Osama Bin Laden, o líder da Al-Qaeda morto em uma operação americana no Paquistão.