Após a redemocratização do país, Massera foi preso e condenado à prisão perpétua, em 1990, acusado de crimes de lesa humanidade. A prisão ocorreu depois que o ex-presidente Néstor Kirchner, morto recentemente, decidiu reabrir processos contra militares da ditadura acusados de praticar tortura em presos políticos.
Em 1990, o então governante Carlos Menen concedeu indulto a Massera, mas a Suprema Corte de Justiça anulou a iniciativa presidencial. Em 2010, a Suprema Corte ratificou a nulidade do indulto concedido ao ditador. De acordo com a decisão, "a Argentina assumiu a responsabilidade de investigar e castigar os delitos (cometidos durante a ditadura militar). Este compromisso não pode ser anulado pelo indulto assinado em 1990 pelo ex-presidente Menen".
Durante a ditadura na Argentina, Emílio Massera comandou um centro de detenção clandestino da Marinha, a Escola Superior de Mecânica da Armada (Esma). Historiadores estimam que cerca de 5 mil presos passaram pelo local, que ficou conhecido como um dos lugares onde se torturavam inimigos políticos do regime militar.
