Às 17h de terça-feira, ele realizou o último contato telefônico com a namorada, revelando que estava negociando a moto com duas pessoas. O alerta sobre o desaparecimento mobilizou polícia, familiares e amigos do jovem. Em operação da polícia civil, a moto foi encontrada na residência da namorada de um dos suspeitos, de 20 anos. O titular da Delegacia de Furtos, Roubos, Entorpecentes e Capturas (DEFREC), Sandro Meinerz, informou que o jovem confessou o crime afirmando que o mentor do plano e autor da morte teria sido um comparsa de 46 anos que já tinha praticado outro homicidio em 2010.
A investigação chegou até os autores do crime depois de conseguir junto à justiça a quebra do sigilo telefônico dos dois suspeitos, constatando que mantiveram contato com a vitima. Vagner teria sido morto a tiros, segundo o delegado Sandro, na residência do jovem de 20 anos. Posteriormente, o corpo foi levado em um Volkswagen Parati até a BR 158, saída para o municipio de Rosário do Sul.