Entre 2008 e 2010, o BNDES investiu cerca de R$ 10 bilhões em grandes frigoríficos, como JBS, Bertin (que se fundiram) e Marfrig. A compra de participação acionária dessas empresas pelo banco pretendia consolidar a posição do País como principal exportador mundial de proteína animal. O "complexo carnes" deveria se tornar o principal setor exportador do agronegócio brasileiro, segundo a Política de Desenvolvimento Produtivo do Ministério do Desenvolvimento. Na época, o governo já reconhecia a pecuária como o maior motivo do abate da Floresta Amazônica.
"Foram identificadas falhas na articulação e coordenação, a cargo da Casa Civil", entre os diferentes programas de governo, segundo o TCU. Questionada sobre a conclusão dos auditores, a Casa Civil argumentou que contribuiu para a redução do desmatamento na Amazônia. A taxa anual anunciada no fim de 2009 foi a mais baixa em 20 anos: 7,4 mil quilômetros quadrados. "Isso não significa que estamos satisfeitos. Precisamos continuar melhorando e sempre há espaço para isso", disse a pasta.
Na época do grande investimento em frigoríficos, relatórios oficiais mostravam que a pecuária dominava 80% das áreas desmatadas. Em 2006, a Amazônia concentrava a terça parte do rebanho nacional. Em 2007, o ritmo das motosserras voltara a crescer. Com recursos do BNDES, os frigoríficos reforçaram o avanço da pecuária na Amazônia: todos têm estabelecimentos industriais na região. "Como consequência, verificou-se que frigoríficos beneficiados pelo BNDES adquiriram gado de fazendas envolvidas com desmate ilegal e trabalho escravo", relata auditoria aprovada pelo TCU.
