Apesar de estar em Nova Iorque para a Assembleia Geral da Organização das Nações Unidas (ONU), Dilma participou por telefone das negociações. Os ministros José Eduardo Cardozo (Justiça) e Maria do Rosário (Direitos Humanos) foram enviados ao Congresso durante a noite e participaram por mais de duas horas de reuniões em busca do texto final. O assessor especial do ministério da Defesa, José Genoíno, também discutiu os termos.
A exigência do DEM, de restringir as escolhas de integrantes da comissão, foi o principal ponto da negociação. O governo concordava em impedir a participação de pessoas com cargo executivo em partidos ou com cargo comissionado, mas o DEM insistiu em afastar a possibilidade de participação de pessoas com envolvimentos com os fatos alvo de investigação.
Ao longo do dia, diversas redações foram sugeridas. Numa delas, foi proposto o impedimento da indicação de pessoas que tivessem praticados atos de tortura ou terrorismo. Na negociação final evolui-se para uma redação proibindo a indicação para a comissão de pessoas "que não tenham condições de atuar com imparcialidade". Os representantes do governo aceitaram esta proposta, mas a presidente Dilma manifestou contrariedade. Como a oposição não concordou em mexer novamente no texto, a proposta acabou incluída no texto do relator Edinho Araújo (PMDB-SP) porque o governo fazia questão de realizar a votação.
Além da emenda do DEM foi aprovada uma proposta do PSDB que permitirá a "qualquer cidadão que demonstre interesse" solicitar ou prestar informações à comissão. Outra alteração determina que o relatório da comissão será encaminhado ao arquivo nacional.
A comissão terá prazo de dois anos para realizar suas investigações. Poderá requisitar informações a órgãos do poder público, convocar testemunhas e determinar a realização de perícias. Não será permitida a divulgação de documentos classificados como sigilosos. A investigação não servirá para a punição de envolvidos porque a comissão está sujeita à Lei da Anistia.
