O governo também vetou outros dois trechos da MP que limitavam a participação de empresas com participação societária em empresas de navegação marítima em porcentuais superiores a 5%. Segundo o governo, "da maneira como foram redigidos, os dispositivos restam inócuos", pois a limitação não impede que essas mesmas empresas adquiram participação societária em terminais privados e criam uma regra "facilmente superável" por meio de acordos de acionistas e outras operações societárias.
Também foi vetada a obrigatoriedade de que os Órgãos Gestores de Mão de Obra (Ogmos) intermedeiem a contratação de trabalhadores para embarcações de navegação interior. A justificativa era que o artigo violava acordo feito com os trabalhadores. “Os vetos foram feitos para garantir o objetivo principal da lei, que é garantir a abertura e a competitividade do setor e afastar qualquer insegurança jurídica”, justificou a ministra Gleisi Hoffmann, chefe da Casa Civil.
O governo barrou ainda o artigo 69, que tratava da prorrogação de concessões do setor elétrico. A alegação é que o dispositivo trata de matéria estranha à lei dos portos. Outro veto foi ao trecho que obrigava os novos contratos de concessão a terem 25 anos, prorrogáveis por mais uma vez, até atingir 50 anos. O governo desejava que a prorrogação fosse uma possibilidade "a critério do poder concedente".
Foi vetado artigo que determinava que a vigilância e a segurança do porto organizado fossem feitas pela Guarda Portuária. A justificativa era de que esse artigo poderia acarretar conflitos entre atribuições de órgãos no porto e que violava acordo feito com os trabalhadores.
Dilma também cortou o artigo que previa que o trabalhador portuário avulso inscrito em cadastro atestasse qualificação profissional para desempenho de atividades. "O texto não deixa claro qual o alcance desse novo cadastro", afirma o governo. Além disso, violava acordo feito com os trabalhadores.
Foi vetada ainda a prorrogação obrigatória dos contratos de arrendamento anteriores a 1993, que deveria ocorrer por um período não inferior ao prazo do contrato. O governo justificou que essa deveria ser uma possibilidade a ser avaliada pelo poder concedente. A possibilidade de prorrogação dos contratos posteriores a 1993 também foi vetada.
A comprovação da efetiva exposição do trabalhador portuário avulso aos agentes nocivos seja feita pelos Ogmos, por meio de formulário do INSS foi barrada. Segundo o governo, entidades de trabalhadores pediram que os Ogmos não sejam os únicos a fazer essa comprovação.
