A escolha de Siqueira ocorreu em meio a uma crise no partido por causa de divergências no apoio do PSB a Aécio Neves (PSDB), no segundo turno da eleição presidencial. Na última quinta-feira, o partido anunciou apoio ao tucano. No sábado, a família do ex-governador de Pernambuco Eduardo Campos manifestou apoio a Aécio.
No mesmo dia, o presidente interino do PSB, Roberto Amaral, publicou em sua página oficial na internet uma carta
criticando a posição tomada pela executiva nacional do partido. Amaral diz que, com a decisão, o PSB "jogou no lixo" o legado de seus fundadores. Considerado o braço direito de Eduardo Campos, Carlos Siqueira deixou a campanha do PSB à Presidência da República após romper com Marina Silva assim que ela assumiu a chapa. Ele acusou Marina de querer mandar no partido e de não representar o legado de Campos, morto em um acidente aéreo.