Costa foi preso na tarde de quarta-feira no Rio de janeiro, onde reside e mantém sua empresa de consultoria, Costa Global, por meio da qual, segundo a PF, teria intermediado contratos milionários de fornecedores da Petrobras usando da influência que adquiriu nos oito anos em que lá trabalhou (2004/2012).
O ex-diretor foi preso pela primeira vez no dia 20 de março por suposta destruição de provas. Em maio o ministro Teori Zavascki, do Supremo Tribunal Federal, mandou soltar Costa, acolhendo tese da defesa sobre "vício de competência" da Justiça Federal no Paraná.
Alertada pela força-tarefa da Procuradoria da República que conduz a Lava Jato sobre contas secretas titularizadas pelo investigado, com saldos milionários, no exterior, a Justiça Federal restabeleceu a ordem de prisão preventiva. Segundo o Ministério Público da Suíça, foram bloqueados US$ 23 milhões em 12 contas atribuídas à Costa e seus familiares. Outros US$ 5 milhões foram identificados na conta de um "colaborador" do doleiro Alberto Youssef, parceiro de Costa.
Ao mandar expedir o novo mandado de prisão, o juiz Sérgio Moro destacou que Costa é "acusado por crimes graves" e alertou que o bloqueio das contas "não previne a fuga". "Não há nenhuma garantia de que, mesmo tendo sido bloqueadas (as contas), assim permanecerão, pois dependente a persistência do sequestro e do futuro confisco de uma série de circunstâncias ainda incertas, bem como de um usualmente longo procedimento de cooperação jurídica internacional."
O advogado Cássio Norberto, que defende o ex-diretor, disse que irá recorrer. Para Norberto, a prisão é despropositada. Ele negou as contas secretas de Costa na Suíça. "Não há nada nesse sentido, consideramos a inexistência dessa conta." O advogado anotou que Costa "cumpriu todas as determinações judiciais que lhe foram impostas, permaneceu em sua residência em todo o momento, exceto quando compareceu à CPI, e seu passaporte está retido".