A emancipação da localidade é alvo de disputa judicial há cerca de 15 anos. Em 1996, uma lei da Assembleia criou o município, antes pertencente a Bento Gonçalves. A medida acabou sendo invalidada pelo Tribunal de Justiça. Em 1999, a Assembleia alterou a lei anterior e Pinto Bandeira voltou a ser emancipada, elegendo prefeito em 2000. Naquele ano, o extinto Partido Progressista Brasileiro (PPB), hoje Partido Progressista (PP), ingressou no Supremo Tribunal Federal (STF) com Ação de Inconstitucionalidade (ADIN), questionando a validade da norma alterada pela Assembleia.
Em 2004, a Ação foi aceita pelo STF e a localidade voltou a ser anexada a Bento. No ano passado, o Legislativo gaúcho entrou com uma nova petição no Supremo, acolhida em julho deste ano, por decisão da ministra Carmen Lúcia.