Depois da década de 70, o Colorado vive mais uma vez um grande momento no futebol, que começou com a conquista da primeira Libertadores da América e do Mundial de Clubes em 2006. Nesse período, o time acumulou títulos internacionais e ótimas campanhas no Campeonato Brasileiro. Dois vices no nacional, em 2006 e 2009 e um na Copa do Brasil (2009).
Em 2010, o clube ficou em evidência graças à conquista do segundo título da taça Libertadores, que veio após a vitória sobre o Chivas Guadalajara, no estádio Beira-Rio, por 3 a 2.
