Para o juiz, os pilotos foram negligentes por não perceberem os problemas de funcionamento do transponder (equipamento que informa a localização da aeronave, a altitude e a velocidade) e do TACS (informa a presença de aeronaves próximas). Eles podem recorrer da sentença no Tribunal Regional Federal da 1ª região.
O juiz avaliou que o caso recomenda a aplicação de duas penas restritivas de direitos. A primeira de prestação de serviços comunitários e a segunda de proibição do exercício da profissão. Os pilotos foram denunciados em maio de 2007 junto com 4 controladores de voo, por crime de atentado contra a segurança do transporte aéreo nacional.
Os americanos foram absolvidos da acusação de negligência em 2008, mas em 2009, a Justiça ordenou novo julgamento. O juiz considerou que os pilotos foram negligentes na adoção de procedimentos para falha de comunicação "tendo permanecido por 57 minutos durante o voo sem qualquer tentativa de contato com os órgãos de controle".
O Boeing da Gol fazia o voo 1907, de Manaus com destino a Brasília. O jato Legacy ia de São José dos Campos em direção a Manaus, onde deveria pousar e seguir no dia seguinte para os Estados Unidos. A 37 mil pés, próximo do município Peixoto de Azevedo, a asa esquerda do Legacy colidiu com o Boeing provocando a queda do avião, com 154 passageiros.
