Atualmente, o presídio tem pouco mais de 1,1 mil detentos, sendo que a capacidade seria para 476. Um novo módulo, que deve ser concluído no próximo mês, iria acentuar ainda mais o quadro de superlotação, já que havia a projeção de que cerca de 500 apenados fossem abrigados no local. A casa prisional, que tem regime fechado, recebe principalmente presos do Vale do Sinos e Vale do Caí.
A magistrada acolheu pedido do Ministério Público. Em 2007, o órgão moveu uma ação pedindo a interdição por causa de problemas na rede de esgoto. Em 2010, porém, um acordo foi firmado na Justiça, onde o Governo do Estado se comprometia em realizar obras de reestruturação e melhorias. O prazo para a execução dos trabalhos se encerrou em agosto de 2011. De acordo com a juíza, o que ocorreu no período foi a abertura de licitação.
A conclusão da Justiça é de que o sistema atual está poluindo o meio ambiente, levando uma grande carga orgânica para arroio, córregos e também para o Rio Caí. "A situação encontrada na penitenciária em relação ao seu sistema de esgoto está praticamente a mesma, senão pior, da encontrada no início da presente demanda", diz o texto. "Diante do exposto, determino a interdição parcial das atividades da Penitenciária Modulada Estadual de Montenegro, consistente na proibição de ingresso de novos presos para qualquer um de seus módulos, enquanto o Estado do Rio Grande do Sul não comprovar a conclusão das obras de reestruturação do sistema de tratamento de esgoto, pondo-o em funcionamento de forma eficiente, de acordo com a legislação ambiental, e sem vazamentos", concluiu a magistrada.
