A denúncia contra o prefeito no TRF foi aceita em março de 2010. O Ministério Público Federal alegou que Cardoso se omitiu de cumprir um acordo judicial firmado em 2000 em uma ação civil pública na qual se comprometeu a construir uma rede coletora e um sistema de tratamento de esgoto cloacal.
A oferta de suspensão condicional do processo foi feita porque o cumprimento do acordo ajustado na ação civil pública está em fase de execução. Com a negativa do prefeito e o recebimento da denúncia, passa a correr a ação penal.
Conforme o MPF, o rio está contaminado pelo lançamento de coliformes fecais e se tornou impróprio para o banho, com índices altos de poluição e com prejuízo à saúde e à segurança da população.